La historia de San Salvador se inicia con la llegada de los otomíes hacia el año 674, más tarde en 1117, hacen su arribo las primeras tribus Chichimecas, que consuman la conquista de estos lugares en 1120.
Pocos datos se tienen sobre el origen de San Salvador, aunque lo más seguro es que naciera como una de tantas rancherías hacia la segunda mitad del siglo XVI sin tener una historia propia.
Para principios del siglo XVIII, era una importante república de indios sujeta sucesivamente a Mixquiahuala, Tepatepec y finalmente a Actopan.
Por mucho tiempo se pensó que su nacimiento procedía del año 1920 al promulgarse la Constitución del Estado de Hidalgo, sin embargo la lista de presidentes municipales que se conserva inicia en el año de 1870.